2010 m. spalio 29 d. Finansų ministrės įsakymu Nr. 1K-337 Centrinei projektų valdymo agentūrai pavesta atlikti Lietuvos ir Šveicarijos bendradarbiavimo programos Nevyriausybinių organizacijų subsidijų schemos projekto vykdytojo funkcijas. Numatoma, kad už šią veiklą bus atsakingas agentūros Tarptautinių programų valdymo departamento Europos ekonominės erdvės ir Norvegijos programų skyrius.

Šiuo metu Centrinė projektų valdymo agentūra bei Finansų ministerija rengia Lietuvos ir Šveicarijos bendradarbiavimo programos Nevyriausybinių organizacijų subsidijų schemos paramos gaires pareiškėjams, finansavimo ir įgyvendinimo taisykles. Planuojama, jog 2011 m. pradžioje agentūra skelbs atvirą kvietimą teikti paraiškas, vykdys mokymus nevyriausybinių organizacijų atstovams, organizuos paprojekčių atranką, vėliau pasirašys paprojekčių įgyvendinimo sutartis ir prižiūrės, kaip jos įgyvendinamos, kontroliuos viešuosius pirkimus, tvirtins išlaidas ir kt. 

Pagal Lietuvos ir Šveicarijos bendradarbiavimo programą iki 2012 m. birželio 14 d. mūsų šalies nevyriausybinių organizacijų projektams bus skirta apie 13 mln. Lt.