ES Dvynių programos vadovas numato šias pagrindines Dvynių projektų koordinatoriaus funkcijas:
- komunikacijos tarp šalies ir Europos Komisijos užtikrinimas; ryšių su kitų šalių Dvynių projektų koordinatoriais ir su šalimis paramos gavėjomis palaikymas;
- informacijos apie Dvynių projektus ministerijoms ir kitoms viešojo administravimo institucijoms sklaida; šių institucijų konsultavimas, joms rengiantis dalyvauti Dvynių programoje;
- visos su Dvynių programa susijusios veiklos koordinavimas šalyje; bendrų administracinių problemų, kylančių įgyvendinant Dvynių projektus, sprendimas;
- pagalba institucijoms, kai per derybas su kitų šalių institucijomis kyla problemų dėl bendradarbiavimo (konsorciumų kūrimo), teikiant paramą trečiosioms šalims;
- Dvynių projektinių pasiūlymų pirminė peržiūra ir šių pasiūlymų pateikimas konkursinei atrankai;
- dalyvavimas Europos Komisijos ir šalių paramos teikėjų bei paramos gavėjų Dvynių projektų koordinatorių susitikimuose;
- ne viešojo administravimo institucijų, siekiančių gauti Įgaliotosios institucijos (angl. Mandated Body) statusą, kuris leistų teikti paramą kitoms šalims pagal Dvynių programą, pateiktos informacijos tikslumo ir teisingumo tvirtinimas (ES valstybės narės gali siūlyti viešuosius juridinius asmenis ar kitas organizacijas, kurioms suteikiami įgaliojimai įgyvendinti Dvynių projektus tomis pačiomis sąlygomis kaip ir valstybinės institucijos).
ES Dvynių programos vadovas
Siekdama vienodos dalyvavimo ES Dvynių projektuose tvarkos, 1999 metais Europos Komisija parengė ir nuolat atnaujina ES Dvynių programos vadovą (angl. Institution Building in the Framework of European Union Policies. Common Twinning Manual), kuriame pateikiama išsami informacija apie ES Dvynių projektų rengimą ir įgyvendinimą. Tai pagrindinis dokumentas visoms ES Dvynių programą įgyvendinančioms institucijoms ir ekspertams.
Nauja ES Dvynių programos vadovo redakcija įsigaliojo 2020 metų rugsėjį
Aktualiausias „ES Dvynių programos vadovas 2017 (2022m. atnaujinimas)" taikomas naujai paskelbtiems kvietimams teikti paraiškas ES Dvynių projektams įgyvendinti. Atnaujintas ES Dvynių programos vadovas taikomas nuo 2022 metų rugsėjo 1 d. paskelbtiems kvietimams teikti paraiškas ES Dvynių projektams įgyvendinti.
Dvynių Projektų įgyvendinimui taikytiną teisinę bazę aprašo Europos Sąjungos Dvynių programos įgyvendinimo Metodologija (atnaujinta 2017 m. gruodžio mėn.).